Фамилия Арапу — редкая и неочевидная. Её происхождение не лежит на поверхности, и здесь нет привычной модели с суффиксами -ов или -ин. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно смотреть не на русскую, а на тюркскую или кавказскую языковую почву. Сама форма слова — Арапу с конечным -у — сразу выдаёт нерусское происхождение. В русской ономастике такой суффикс — явление исключительно редкое, и, как отмечал в своих работах Б. Унбегаун, почти всегда указывает на заимствование из неславянских языков.

Скорее всего, фамилия восходит к прозвищу или этнониму. В тюркских языках слово «арап» означало «негр», «чернокожий», а также «араб». В русской среде такое прозвище могли дать смуглому, темноволосому человеку — по внешнему признаку, без связи с реальным происхождением. Подобные прозвища были распространены: вспомните хотя бы знаменитого арапа Петра Великого — Абрама Ганнибала, которого в народе звали «арапом», хотя он был эфиопского происхождения. Однако фамилия застыла в форме Арапу, а не Арапов или Арапин. Это указывает на иную модель образования.

В некоторых тюркских языках суффикс -у может быть показателем принадлежности или просто фиксировать исходное слово без изменений. Встречается такая форма у народов Кавказа и Поволжья: у азербайджанцев, кумыков, татар. В этих культурах фамилии нередко оформлялись без патронимических суффиксов, а просто переносили прозвище в неизменном виде. Поэтому фамилия Арапу могла закрепиться у носителей, перешедших на русский язык, но сохранивших исходную тюркскую основу. Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от тюркского имени Арап или Арапу, которое давали ребёнку с тёмной кожей или в честь какого-либо исторического персонажа.

Географически фамилия Арапу встречается в основном на юге России, в Краснодарском крае, Ставрополье, а также в Азербайджане и Дагестане. В центральных русских областях она практически не фиксируется. Так что предки человека с такой фамилией, скорее всего, были выходцами с Кавказа или из тюркоязычных регионов, а их прозвище указывало на заметную внешнюю черту — тёмный цвет кожи или волос.