Фамилия Аврукин образована от личного имени Аврука — уменьшительно-ласкательной формы древнееврейского имени Авраам (в русской традиции — Абрам). Имя Авраам означает «отец множества» или «отец народов» и восходит к библейскому патриарху. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Аврукин — «сын Авруки», «человек из семьи Авруки». Эта словообразовательная модель (от краткой формы имени, оканчивающейся на -а или -я) была широко распространена в Российской империи, особенно среди мещан и крестьян, в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще происходили от полных форм (например, Абрамов).

Фамилия почти наверняка поздняя, сформировавшаяся не ранее XVIII–XIX веков. В еврейской среде фамилии стали обязательными после указов о переписи населения в западных губерниях в конце XVIII — начале XIX века. Само имя Аврука — типично разговорный, бытовой вариант, который использовали в повседневной речи, в отличие от официального Абрам. Поэтому Аврукины — это потомки человека, которого в домашнем кругу звали именно Аврукой.

Географически фамилия тяготеет к черте оседлости: к современным Беларуси, Украине, Литве и Польше. В России встречается реже, как правило, у потомков переселенцев. Спорных версий происхождения нет: корень прозрачен, а суффикс однозначен. Единственное, на что стоит обратить внимание, — это возможное смешение с похожими фамилиями (Аврутин, Авруцкий), но у Аврукина основа именно от имени на -ка, а не от топонима или прозвища.