Фамилия Бахрюковы образована от прозвища или неканонического имени Бахрюк. В её основе лежит диалектное слово «бахрюк» — в южнорусских и украинских говорах так называли кабана, хряка, а в переносном смысле — крупного, упитанного, а то и просто упрямого человека. Фамильный суффикс -ов указывает на принадлежность: Бахрюков буквально означает «сын Бахрюка» или «из рода Бахрюка».

Слово «бахрюк» родственно древнерусскому «бороти» (бороться, биться) и, скорее всего, восходит к той же основе, что и «бахр» — звукоподражательное обозначение чего-то грубого, тяжёлого. В отличие от более распространённых прозвищ от названий животных (Волков, Зайцев), бахрюк — слово узкорегиональное. Встречается оно в основном в документах XVII–XVIII веков по Рязанщине, Тамбовщине и Воронежской губернии. Это указывает на вероятное место формирования фамилии — юго-восточная часть Московского государства, где оседали служилые люди и крестьяне из центральных уездов.

Фамилия редкая. Её носители в XIX веке фиксируются преимущественно как государственные крестьяне и однодворцы — потомки мелких служилых людей, охранявших южные рубежи. В переписях встречаются варианты написания: Бахрюков, Бахрюковы, реже Бохрюков (с аканьем на письме). Двойственное число в названии статьи — Бахрюковы — подчёркивает, что фамилия бытует в форме родового имени, характерной для русской традиции: так говорили о целой семье или династии.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Бахров, Бахрушин, Бахриков) показывает, что корень «бахр-» давал много прозвищ, но «бахрюк» остался самым конкретным — с чёткой зоологической или бытовой отсылкой. Никакой связи с тюркскими «бахр» (море) или арабскими корнями здесь нет: это исконно славянское диалектное слово, закрепившееся в антропонимии южнорусского пограничья.