Фамилия Бахышева — женская форма мужской фамилии Бахышев. Её основа восходит к тюркскому мужскому имени Бахыш, что в переводе с ряда тюркских языков (азербайджанского, туркменского) означает «дар», «подарок» или «вознаграждение». Это имя часто давали долгожданному ребенку, которого считали подарком судьбы.

Фамилия образована по типичной для русской среды модели: к тюркскому имени добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант суффикса -ов после мягкой или шипящей основы). То есть Бахышев буквально значит «сын (или потомок) Бахыша». Такие фамилии массово возникали у тюркских народов, вошедших в состав Российской империи, при переходе к обязательным фамилиям в XIX — начале XX века.

Интересная деталь: написание через «ы» (а не через «и» — Бахишев) указывает на твердое произношение корня, характерное для некоторых тюркских диалектов, где звук «ы» сохраняется в исходном слове. Встречаются и варианты с «а» — Бахашев, но форма Бахышев точнее передает исходный корень.

Среди носителей фамилии преобладают люди, чьи предки происходят из регионов с тюркским населением: Азербайджан, Дагестан, Туркменистан, реже — татары и башкиры. В русских документах фамилия могла быть записана как Бахышев или Бахишев, в зависимости от грамотности писаря.

Сословная принадлежность предков могла быть разной — от крестьян до мелких торговцев или духовных лиц (мулл), но однозначных данных о принадлежности к дворянству нет. Фамилия не входит в число древних аристократических родов России, а является относительно поздней, «бытовой» по происхождению.