Фамилия Баккунова — женская форма мужской фамилии Баккунов. Её основа, Баккун, звучит непривычно для русского уха, но за ней стоит прозрачная и конкретная история. Скорее всего, это не славянское, а тюркское прозвище, которое затем обрусело с помощью русского суффикса принадлежности -ов.

Разбираем корень: «баккун». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «бак» означает «смотри», «гляди», а «баккун» — это повелительная форма или имя действия, близкое к «смотрящий», «наблюдатель». В переносном смысле так могли назвать внимательного, зоркого человека, сторожа или пастуха, которому поручен надзор за скотом или территорией. Есть и другая версия: в некоторых диалектах «баккун» — это вариант слова «баклан» (птица), но для прозвища человека такое сравнение менее типично, хотя и не исключено.

Фамилия Баккунов (и Баккунова) — редкая. Она встречается в Поволжье, в регионах с исторически смешанным русско-татарским населением, например в Татарстане, Башкирии, Самарской области. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, был крещёным татарином или башкиром, получившим фамилию по мирскому прозвищу. Русский суффикс -ов превратил тюркское слово в стандартную русскую фамилию, подобно тому как возникли фамилии Бакулин, Бакуров или Бакиев.

Что касается сословной принадлежности, то Баккуновы, вероятно, относились к государственным крестьянам или однодворцам — то есть не были дворянами, но и не были крепостными. Прозвище «баккун» не несёт унизительного оттенка, оно скорее указывает на род занятий или характерную черту: бдительность, способность долго всматриваться вдаль. В современных антропонимических справочниках фамилия Баккунов не упоминается в списках старинных дворянских родов, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение.