Фамилия Бакула — редкий случай, когда прозвище почти без изменений перешло в фамилию. В ней нет суффиксов -ов, -ин или -ский, которые обычно добавляют к основе. Перед нами застывшая форма древнерусского или украинского прозвища. Самая вероятная версия связывает её с глаголом «бакулить» — говорить, болтать, пустословить. В словаре Даля «бакула» — это говорун, краснобай, иногда с оттенком пустомели. На юге и западе России, а также в Беларуси и на Украине это слово было в ходу: бакулой называли человека бойкого на язык, любителя поговорить или того, кто заговаривал зубы.

Менее распространённая гипотеза выводит фамилию из диалектного «бакул» — так в некоторых говорах называли деревянную колотушку или чурбан. Тогда прозвище могло относиться к человеку плотного, коренастого телосложения либо к тому, кто работал с деревом. Однако весомость этой версии уступает первой: глагольная основа встречается в фамилиях чаще, чем предметная, да и география бытования фамилии Бакула совпадает с ареалом слова «бакулить» — преимущественно южнорусские и украинские земли.

Фамилия могла возникнуть и как сокращение от канонического имени Варлаам или Вукол, в народной речи звучавших как «Бакула». В этом случае она перешла бы в разряд фамилий из крестильных имён, но такая модель нехарактерна для русской традиции: обычно от имени образуют формы с суффиксами, а не берут его целиком. Поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Встречаемость фамилии в XIX веке фиксируется в Курской, Воронежской, Харьковской губерниях — областях, где южнорусские говоры соседствовали с украинскими. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами: прозвище давали в быту, и оно закреплялось за родом без изменений, минуя официальную паспортизацию с типовыми суффиксами.

Сравните с однокоренными фамилиями: Бакулин — самая распространённая форма с суффиксом -ин, Бакулов — с -ов, Бакульский — искусственная семинарская фамилия, образованная от той же основы для благозвучия. Бакула же стоит особняком: это прямое, необработанное прозвище, сохранившее дыхание живой речи.