Фамилия Бакулин образована от прозвища или нецерковного имени Бакуля, Бакула. В русских говорах слово «бакуля» означало говорливого, болтливого человека, а также того, кто говорит складно, красноречиво. Прозвище могли дать как любителю поговорить, так и бойкому на язык, острому на слово. В некоторых диалектах «бакулить» — значит говорить, болтать, и это значение напрямую легло в основу фамилии.

В «Ономастиконе» Степана Веселовского записан Бакула, крестьянин, 1495 год, Новгород. Эта запись — одно из ранних документальных подтверждений того, что имя или прозвище Бакула бытовало на русском Севере. Потомок человека по прозвищу Бакуля или Бакула получал фамилию Бакулин: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Бакулы).

Существует и другая версия: Бакула — искажённая форма канонического имени Вакула (от греческого Вукол, «пастух»). Однако она менее правдоподобна: во-первых, переход Вакула → Бакула не характерен для русской фонетики (обычно, наоборот, начальное «в» сохранялось), во-вторых, прозвищная основа «бакуля» даёт прямое и прозрачное объяснение без привлечения гипотезы об искажении.

Фамилия Бакулин встречается в разных регионах, но заметно чаще — в бывших новгородских и вятских землях, что согласуется с ранней фиксацией имени Бакула именно в Новгороде. По модели образования фамилия типична для севернорусской и центральной традиции: отчество на -ин от прозвища на -а/-я.

Редкий суффикс в основе не случаен: прозвища на -уля, -ула (как Бакуля, Бакула) в старину были характерны для людей с яркой внешней или речевой чертой. В одном ряду с Бакулиным стоят фамилии Балагурин, Болтунов, Говорухин — все от прозвищ по особенности речи. Но Бакулин стоит особняком: его основа старше, она уходит корнями в диалектную лексику XV века, а не в литературный язык.