Фамилия Бакулина отталкивается от прозвища Бакула, которое в свою очередь связано с диалектным глаголом «бакулить» — говорить, разговаривать. Прозвище могли дать словоохотливому человеку, краснобаю, тому, кто любил и умел вести беседу. Такая мотивация — самая прямая и прозрачная, поэтому её считают основной.

В «Ономастиконе» Степана Веселовского зафиксирован возможный родоначальник Бакулиных — новгородский крестьянин Бакула, упомянутый в 1495 году. Это одна из ранних документальных записей, которая показывает, что прозвище бытовало в северо-западных землях Руси. Потомки этого человека или других людей с таким же прозвищем со временем получили фамилию по типичной модели: прозвище на -а плюс суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» (Бакула → Бакулин → Бакулина).

Существует и вторая версия, менее правдоподобная. Согласно ей, Бакула — это искажённая форма имени Вакула, которое восходит к крестильному имени Вукол (в греческом варианте — «пастух»). Однако против этой гипотезы говорит то, что имя Вакула в русской традиции было вполне самостоятельным и не требовало искажения; кроме того, семантика «пастуха» не даёт объяснения, почему носитель получил именно такое прозвище, — в то время как глагол «бакулить» объясняет его напрямую.

Фамилия Бакулина — женская форма, а мужской вариант — Бакулин. Это одна из тех фамилий, где прозвищная основа перевешивает календарную, и за ней стоит не святой, а живой человек с характерной речевой манерой.