Фамилия Бакулева — женская форма, а её мужской вариант Бакулев. В основе фамилии лежит прозвище Бакуль. Самая вероятная версия связывает его с глаголом «бакулить» — говорить, разговаривать. В старину этим словом называли и пустослова, и краснобая, и бойкого рассказчика. Отношение к таким людям было двойственным: сплетников не жаловали, а вот балагуров, умевших увлечь слушателей, ценили. Прозвище Бакуль мог получить как говорун, так и тот, кто профессионально вёл переговоры или объявлял новости.

Есть и другая версия, но она менее правдоподобна: Бакуль мог быть народной формой имени Вакула, которое восходит к греческому Вукол (в переводе — «пастух»). Однако в русской традиции имя Вакула закрепилось в основном за святочным персонажем и кузнецом из гоголевской «Ночи перед Рождеством», а не за реальными людьми.

Историк С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает новгородского крестьянина Бакулу, записанного в 1495 году. Это одно из ранних документальных свидетельств, которое позволяет говорить о древних корнях фамилии на новгородских землях. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Бакулев — сын Бакуля. Со временем фамилия закрепилась за потомками этого человека или его однофамильцев.