Фамилия Бакулев происходит от прозвища Бакуль. В его основе — глагол «бакулить», что значит «говорить, разговаривать». Значение у прозвища двойственное: с одной стороны, так могли назвать пустослова или сплетника, с другой — балагура, мастера поддержать беседу и увлечь слушателей. Судя по характеру прозвищного суффикса -уль- (как в «крикун» или «болтун»), прозвище Бакуль скорее относилось к речевому поведению человека, а не к его имени.

Менее убедительная версия связывает фамилию с личным именем Бакуль — искажённой формой имени Вакула, которое восходит к греческому Вукол («пастух»). Однако эта гипотеза слабее: во-первых, имя Вакула было распространено в основном на Украине, а фамилия Бакулев — типично русская по словообразовательной модели (суффикс -ев, а не -енко или -ук). Во-вторых, прозвище от действия («бакулить») встречается чаще, чем редкое календарное имя в такой огласовке.

Документально известен возможный основатель рода — новгородский крестьянин Бакула, записанный в 1495 году. Это указывает на северные или северо-западные корни фамилии: Новгородская земля, Псковщина, где были сильны говоры с характерным «бакулить». Со временем потомки этого человека (или другого Бакули) получили фамилию Бакулев, закрепившуюся по стандартной модели: к прозвищу на -а/-я добавили притяжательный суффикс -ев.