Основой фамилии Балдагуев послужило имя Балдаг. Фамилия Балдагуев ведет свое начало от бурятского мужского имени Балдаг, которое в переводе на русский язык означает «толстый, приземистый». Скорее всего, это имя связывалось с внешним видом человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Балдаг, со временем получил фамилию Балдагуев.