Фамилия Балдагуев образована от бурятского мужского имени Балдаг. В переводе с бурятского языка это слово означает «толстый, приземистый». Скорее всего, имя Балдаг было связано с внешним видом человека — так могли назвать коренастого, плотного ребёнка или взрослого.

Словообразовательная модель здесь типичная для тюрко-монгольских фамилий, адаптированных русским суффиксом -ев. К основе Балдаг прибавили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность: «Балдагуев» буквально значит «сын Балдага». Со временем это отчество закрепилось как наследственная фамилия.

Географически фамилия Балдагуев связана прежде всего с Бурятией и соседними регионами, где распространены бурятские родовые имена. Встречается она и среди калмыков — у них есть созвучное имя Балдаг, что говорит о единой монгольской языковой основе.

В русских источниках фамилия редкая, её носители в основном сосредоточены в Сибири и на Дальнем Востоке. Поскольку имя Балдаг не было церковным, фамилия могла закрепиться в крестьянской или казачьей среде, где прозвища по внешности давали часто.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Балданов, Балдаков, — то Балдагуев выделяется суффиксом -гу-, который характерен для некоторых бурятских и калмыцких форм. Это может указывать на диалектное или родовое произношение исходного имени.