Фамилия Балдыкин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ин. Суффикс -ин присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, и указывал на принадлежность: «чей сын?» — Балдыкин, то есть сын Балдыки. Основа фамилии — слово «балдыка» или «балдык».

Слово «балдык» в русских говорах имело несколько значений, и все они связаны с внешностью, характером или поведением человека. В вятских и пермских говорах «балдык» — это неповоротливый, неуклюжий человек, увалень. В других регионах так называли большую дубину или колотушку, а в переносном смысле — грубого, неотёсанного мужчину. Есть и более безобидная версия: в некоторых говорах «балдыка» — это просто болтун, пустомеля. Таким образом, прозвище Балдыка давали либо медлительному и тяжелому на подъём человеку, либо, наоборот, тому, кто любил поговорить без дела.

География фамилии подтверждает северное и северо-восточное происхождение. Наибольшая концентрация носителей фамилии Балдыкин исторически фиксируется в Вятской губернии (современная Кировская область) и на Урале. Это согласуется с диалектной привязкой слова «балдык» именно к северным говорам. Фамилия редкая, не относится к числу массовых дворянских или купеческих — её носителями были в основном крестьяне и посадские люди.

Интересно, что фамилия Балдыкин не имеет отношения к тюркскому слову «балда» (топор), которое часто упоминают в связи с фамилией Балдин. Здесь другая основа, чисто русская диалектная, и другая словообразовательная модель. Если бы корень был тюркским, фамилия, скорее всего, звучала бы как Балдин или Балдаков, а не Балдыкин.

Не стоит путать фамилию и с прозвищем от «балда» в значении «глупый человек» — это параллельная, но не родственная линия. Балдыкин происходит от более узкого, диалектного слова, и это делает фамилию ценной для историка языка: она сохранила лексику, которая почти вышла из употребления.