Фамилия Балдынова — женская форма от Балдынов, и её разбор стоит начать с мужской основы. Модель образования простая: к основе Балдын- добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Балдынов, то есть сын Балдына). Вариант с -ов, а не с -ин, подсказывает, что основа, скорее всего, заканчивается на твёрдый согласный, хотя на слух это неочевидно.

Самая вероятная основа — прозвище Балда. В старину этим словом называли не только глуповатого человека (значение, закрепившееся в литературном языке), но и, по данным диалектных словарей, тяжелый молот, кувалду, а также большую дубину или колотушку. В говорах русского севера и Сибири «балдой» могли назвать коренастого, крепкого человека, а иногда и упрямца. Таким образом, предок мог получить прозвище за физическую силу, грузность или неуступчивый характер. Версия, что Балда — это тюркское имя (от тюркского «балда» — топор, секира), тоже имеет право на существование, но в русской среде прозвище чаще осмыслялось по-своему.

Суффикс -ын- в фамилии Балдынов не встречается, хотя на письме может возникнуть путаница. Если бы фамилия писалась через Ы (Балдынов), это указывало бы на притяжательное значение от имени Балдын, но такая форма в русской ономастике редка. Скорее всего, буква Ы в корне — результат фонетического изменения: в безударном положении «о» могло редуцироваться, а на письме закрепился вариант с Ы, как в фамилиях Голышев (от голыш) или Копылов (от копыл). Поэтому исходное прозвище было Болда, а фамилия со временем «отвердела» в произношении.

Географически фамилия Балдынов встречается в разных регионах, но заметная концентрация — в Поволжье и на Урале, где были сильны старообрядческие общины. В этих местах слово «балда» в значении «увалень» или «крепкий мужик» бытовало активно. Среди носителей фамилии нередки люди, чьи предки занимались кузнечным или плотницким делом — ремёслами, где требовалась физическая сила и где «балда» как инструмент была в ходу. Впрочем, это лишь косвенная связь, а не прямое указание на профессию.

В целом фамилия Балдынова не имеет аристократического происхождения — она относится к разряду «прозвищных», то есть образованных от бытового имени-характеристики. Такие фамилии часто носили крестьяне и посадские люди, и в них больше живой народной речи, чем в фамилиях от церковных имён.