Фамилия Балоян — армянская, и её основа — это родовое имя, то есть «азганун», указывающее на принадлежность к определённому клану. Если разбирать слово по составу, то на первый план выходит суффикс -ян, типичный для армянских фамилий: он буквально означает «из семьи» или «из рода». Соответственно, первоначальный смысл фамилии — «из рода Балы (или Бало)».

Самая распространённая версия связывает фамилию Балоян с тюркским словом bala — «дитя, ребенок». Так на Востоке часто называли малыша, пока родители не давали ему постоянное имя. Вторая версия возводит основу к турецкому bal — «мед», то есть «сладкий», что тоже могло быть ласковым домашним прозвищем. Есть и альтернативное объяснение: имя Бало могло происходить от узбекского balo — «беда, несчастье». Тогда это «охранное» имя, призванное обмануть злых духов и защитить ребёнка от бед. Однако у того же слова balo есть и другое значение — «ловкий, умелый». В таком случае прозвище Бало мог получить искусный мастер, и фамилия указывала бы на ремесленный род.

Некоторые исследователи считают Балоян фонетическим вариантом более известной фамилии Балаян. Разница в произношении могла закрепиться из-за местных диалектов. В любом случае, перед нами типичная армянская патронимическая фамилия, образованная от личного имени или прозвища, которое было в ходу у народов, контактировавших с армянами в Закавказье.