Фамилия Банишев образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа + суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?»). Но вот с самой основой — «Баниш» — всё не так очевидно. В отличие от фамилий, производных от очевидных прозвищ или имён, Банишев не укладывается в простую схему.

Скорее всего, в основе лежит прозвище или вариант имени. Наиболее правдоподобная версия — связь с тюркскими языками. В них слово «баниш» или близкие по звучанию корни могли означать «мир», «согласие», «примирение» (ср. татарское «баныш» — мирный, добрый). В таком случае прозвище Баниш давали человеку миролюбивому, уживчивому, который улаживал споры. Это объясняет и географию фамилии: она встречается в регионах с давними тюркскими контактами — в Поволжье, на Урале, в Сибири.

Вторая, менее вероятная гипотеза — происхождение от уменьшительной формы крестильного имени. Например, от Вениамин (через народные формы Веня, Веняш) или от Варнава. Но звуковой переход от «Веняш» к «Баниш» нехарактерен для русской фонетики, поэтому эта версия слабая. Искусственно притягивать её не стоит.

Модель с суффиксом -ев, а не -ин, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или шипящий. В написании фамилии встречается вариант «Банишев» (с буквой «и» после «н»), что закреплено в современных справочниках. В старых документах могла фиксироваться форма «Банышев» — с «ы» на месте «и», что отражает диалектное произношение. Такая вариативность типична для фамилий, зафиксированных в устной речи до появления паспортов.

Сословная принадлежность предков Банишевых не прослеживается по одной фамилии: носители могли быть и крестьянами, и мещанами, и служилыми людьми. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном характере — она могла возникнуть в одной местности и распространиться с переселенцами. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего стоят Баниш, Банишевский, а также, возможно, Банышев — как орфографический вариант.