Фамилия Банукова образована от прозвища Банука. Вероятно, оно имеет азербайджанские корни и восходит к двум словам: bani и ucqar. Первое из них переводится на русский язык как «отец», а второе — «глухой». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Банука, со временем получил фамилию Банукова.