Фамилия Банукова — женская форма, а её мужской вариант — Бануков. В основе фамилии лежит прозвище Банука. Скорее всего, оно имеет азербайджанские корни и восходит к двум словам: bani («отец») и ucqar («глухой»). То есть Банукой могли прозвать глуховатого отца семейства или пожилого мужчину с таким недостатком слуха.

Словообразовательная модель здесь нестандартная для русских фамилий. Обычный суффикс -ов присоединён к основе, которая не является традиционным славянским именем или прозвищем. Это указывает на то, что фамилия могла сформироваться на стыке культур — в среде, где русская патронимическая модель (прибавление -ов к имени отца) наложилась на тюркское прозвище. Подобные случаи характерны для регионов смешанного проживания, например, для Закавказья или Поволжья, где русские фамилии давали по прозвищам, взятым из местных языков.

Само прозвище Банука — редкое. В русской ономастике нет устойчивой традиции его употребления, что подтверждает его заимствованный характер. Если сравнивать с другими фамилиями на -уков (вроде Карауков или Ташуков), то и там часто прослеживаются тюркские основы, но Банукова выделяется своей двусоставной этимологией: «отец» + «глухой» — это не просто описание внешности, а указание на статус (отец) и физический недостаток одновременно.

Встречаемость фамилии невысокая. Географически она может быть привязана к Азербайджану или к регионам, где исторически жили азербайджанские общины. Потомок человека по прозвищу Банука со временем получил фамилию Бануков, а его дочь или жена — Банукова.