Фамилия Бекешин образована от прозвища или нецерковного имени Бекеша. Основа здесь — тюркское слово «бекеш», которое имеет два основных значения. Первое и самое распространенное — «крепкий, плотный, коренастый человек». Второе, менее очевидное, но тоже возможное — производное от «бек» (господин, князь) с уменьшительным суффиксом «-еш», то есть «маленький бек», «князёк». В тюркской среде такие прозвища давали младшим сыновьям знатных людей или просто как ласкательное обращение.

Модель образования проста и типична для русских фамилий XVI–XVII веков: суффикс принадлежности «-ин» присоединялся к основе на «-а» или «-я». Бекеша → Бекешин, то есть «сын Бекеши», «из рода Бекеши». Если бы основа оканчивалась на согласный, мы бы увидели фамилию Бекешев, но здесь именно «-ин» указывает на то, что прозвище склонялось по образцу существительных женского рода — Бекеша, как, скажем, Савва или Никита.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически были сильны тюркско-славянские контакты: Поволжье, Приуралье, южные уезды России. Встречается она и у русских, и у татар, и у башкир, что не редкость для фамилий на стыке культур. В дореволюционных переписях Бекешины фиксировались в основном среди крестьян и мещан, но отдельные ветви могли принадлежать и к служилому сословию — например, к казачеству, где тюркские прозвища были обычным делом.

Стоит отличать эту фамилию от омонимичной Бекешев. Разница только в суффиксе, но она указывает на разную грамматическую форму исходного прозвища. В остальном корень один и тот же, и в быту эти фамилии могли путать даже в документах. Ещё один редкий вариант — Бекешин с ударением на второй слог (Беке́шин), что иногда встречается в южнорусских говорах, но нормативным считается ударение на первый слог — Бе́кешин.