Фамилия Бенин — это типичный случай, когда в основе фамилии лежит не полное церковное имя, а его народная, обиходная форма. В основе лежит имя Беня, которое на Руси было одной из просторечных версий крестильного имени Бенедикт. Само имя Бенедикт восходит к латинскому слову benedictus, что означает «благословенный». По другой, менее строгой версии, это имя могли трактовать как «тот, о ком хорошо говорят».

Суффикс -ин указывает на модель образования, типичную для русских фамилий: он присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я. Фамилия Бенин буквально означает «сын Бени» или «потомок Бени». Такие фамилии обычно закреплялись за человеком по имени отца, то есть предок носителя фамилии Бенин, скорее всего, звался Беней.

Важно понимать, что имя Беня не имеет прямого отношения к современному сокращению от Бенджамин или к другим именам. В дореволюционной России имя Бенедикт не было редкостью, особенно в среде духовенства, где любили «говорящие» латинские имена. Однако в народной среде это имя часто адаптировали, сокращая до простых и привычных форм — Венедикт, Беня, Бенюха. Фамилия Бенин могла возникнуть в тех регионах, где имя Бенедикт и его производные были в ходу, но точная география бытования фамилии сегодня размыта, так как встречается она не слишком часто.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: имя Беня (основа) + суффикс -ин (притяжательное значение). Спорных версий у фамилии практически нет, поскольку связь с именем Бенедикт признаётся основной и наиболее логичной. Среди однокоренных фамилий можно назвать Бенедиктов (от полной формы имени) и более редкие Бенюхов, Беняков. Фамилия Бенин стоит в этом ряду как пример максимального упрощения исходного латинского имени до короткого бытового прозвища, которое затем закрепилось в качестве родового имени.