Фамилия Бенина — один из тех случаев, когда внешне простая форма скрывает несколько возможных путей происхождения. Сразу заметим суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. Он указывает на принадлежность: «чей сын?» — Бенин, то есть сын Бени.

Самая прямая версия — фамилия образована от краткой формы крестильного имени Вениамин. В народной русской традиции это имя часто сокращали до Беня, Беня — уменьшительное, которое и стало основой. В таком случае Бенина — «дочь» или «жена» Бени, а предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком по имени Вениамин. Это имя пришло из древнееврейского и означает «сын правой руки» или «счастливый сын», что в православной среде было вполне распространено.

Вторая, не менее вероятная гипотеза — еврейское происхождение фамилии. В среде ашкеназских евреев фамилия Бенина могла возникнуть от мужского имени Беня (также сокращение от Беньямин, еврейского аналога Вениамина) или от женского имени Бенина. В иврите слово «бенина» означает «понимание», «разумение», и такое имя могло быть дано девочке. Фамилии на -ин у евреев Восточной Европы часто образовывались по русской модели при переписях, поэтому Бенина могла закрепиться за семьей, где отца или мать звали Беней.

Третья, более редкая версия — отчество от прозвища Беня. В некоторых русских говорах «беня» могло означать нечто вроде «плакса» или «нытик» (от глагола «бенчать» — плакать, жаловаться). Однако эта гипотеза менее убедительна, так как прозвище с таким значением вряд ли стало бы популярным для фамилии, и документальных подтверждений этой версии в ономастике практически нет.

Географически фамилия Бенина встречается в России (особенно в центральных регионах и Поволжье), а также в Беларуси и на Украине. В силу многозначности корня точное сословие предков определить невозможно: среди носителей могли быть и крестьяне, и мещане, и представители духовенства. Интересная деталь: фамилия Бенина сохраняет женскую форму, что не редкость для фамилий, образованных от имени матери (матримониальные фамилии), но в данном случае это скорее всего результат того, что фамилия закрепилась за семьей через женское имя или прозвище жены.