Фамилия Бенюков — один из тех случаев, когда прозрачная, на первый взгляд, основа скрывает сразу несколько возможных путей происхождения. Наиболее очевидная и подтверждённая модель — это связь с каноническим именем Венедикт. В просторечии это имя давало множество уменьшительных форм: Беня, Бенюк, Бенюта. Суффикс -юк (-ук) в основе Бенюк типичен для украинской, белорусской и южнорусской антропонимии; он указывал на «малого», сына или носителя признака. Таким образом, Бенюков — это буквально «сын Бенюка», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительным от Венедикта.

Однако имя Венедикт не было единственным источником. В южных и западных регионах бытовало имя Бенедикт (латинское Benedictus — «благословенный»), которое в народном произношении также сокращалось до Беня. Фамилия могла закрепиться за потомками и этого Бенедикта. Различить, от какого именно полного имени пошла фамилия, сегодня почти невозможно, но оба варианта ведут к одному корню — «благословенный», что придаёт фамилии неожиданно мягкий, положительный оттенок.

Есть и третья, менее вероятная, но любопытная версия. В некоторых говорах «беня» или «бенюк» могло быть прозвищем, образованным от диалектного глагола «бенюкать» — то есть говорить невнятно, мямлить, или же от «бендить» — гнуть, клонить. В этом случае фамилия перешла бы в разряд прозвищных, характеризующих манеру речи или поведения первого носителя. Но эта гипотеза остаётся на периферии: большинство фамилий на -юков/-уков в русском и украинском ономастиконе восходят именно к крестильным именам.

Географически фамилия Бенюков тяготеет к западным и южным областям бывшей Российской империи — современным Украине, Белоруссии, а также Курской и Воронежской губерниям, где суффикс -юк особенно распространён. Встречается она нечасто, что может говорить о локальном происхождении: родоначальник, вероятно, жил в небольшой общине, и его прозвание Бенюк не вышло за пределы нескольких поколений и соседних деревень. Сословная принадлежность предков не восстанавливается без генеалогического поиска, но форма на -ов указывает на то, что фамилия оформлялась в среде, где преобладала великорусская модель патронимии, — скорее всего, среди крестьян или однодворцев юга России.

Таким образом, Бенюков — это фамилия-патроним, образованная от просторечной формы имени Венедикт или Бенедикт. Её главная особенность — редкий для русского уха суффикс -юк в основе, который сразу выдаёт южное или западнорусское происхождение рода.