Фамилия Бернюковы — довольно редкая, и её разбор требует внимания к деталям словообразования. В отличие от распространённых фамилий на -ов, образованных от полных крестильных имён (Иван — Иванов), Бернюковы явно ведут род от прозвища или диалектного слова.

Ключ к пониманию — суффикс -юк. В русских фамилиях он не так част, как -ов или -ин, но хорошо известен в юго-западных землях: на Украине, в Белоруссии и в приграничных русских областях (Брянщина, Смоленщина). Суффикс -юк образует уменьшительные или «сыновьи» формы: Бернюк — это человек, которого в быту называли Берней. Сама основа «Берн-» может восходить к нескольким корням. Самая прямая версия — от глагола «бернуть» в значении «бить, хлестать» (ср. диалектное «берну́ть» — ударить). Тогда прозвище Берня или Бернюк могли дать драчуну, задире или, напротив, человеку, который «бьёт» по рукам при заключении сделки — то есть крепкому хозяину.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная для западных регионов — связь с именем Бернард, которое в народной речи могло сократиться до Берн. Однако для русского крестьянского быта это скорее исключение, чем правило. Третья гипотеза отсылает к тюркскому «бир» (один) или «бер» (дай), но в сочетании с русским суффиксом -юк это выглядит искусственно.

Географически фамилия Бернюковы привязана к югу России и востоку Украины. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века она встречается в Харьковской, Воронежской и Курской губерниях. Носители фамилии были в основном государственными крестьянами или однодворцами — то есть людьми, которые несли службу на границе, но не принадлежали к дворянству. Суффикс -ов в окончании — стандартный русский патроним, указывающий на принадлежность роду: Бернюков — сын Бернюка. Таким образом, фамилия прошла путь от прозвища (Берня или Бернюк) до фамильного обозначения целой семьи, закрепившись в южнорусском говоре.