Фамилия Беспалая — редкий пример, где основа прозвища сохранилась почти без изменений, а суффикс указывает на женскую форму. Она происходит от прозвища Беспалый: приставка БЕС- (от «без») и корень ПАЛ- (от «палец») прямо говорят о человеке, лишённом одного или нескольких пальцев на руке или ноге. Такая особенность сразу бросалась в глаза в быту, поэтому прозвище было точным и цепким — его давали не в обиду, а для узнавания.

По модели образования фамилия относится к типу на -ой/-ый, который в русской традиции часто закреплялся за прозвищами, описывающими внешность или физический недостаток. Женская форма Беспалая — это не случайный вариант, а указание на то, что фамилию носила женщина (вдова или дочь) или что она закрепилась в роду через женскую линию. В документах XIX века такие формы встречаются в южнорусских и украинских говорах, где окончание -ая/-яя у фамилий-прилагательных было нормой.

В отличие от фамилий с суффиксами -ов или -ин, Беспалая не превратила прозвище в притяжательное прилагательное («чей?»), а оставила его в исходном описательном виде. Это говорит о том, что прозвище закрепилось как родовое имя достаточно поздно или в среде, где не было строгой патронимической традиции — например, среди казачества или однодворцев.

Других версий происхождения, кроме как от физического недостатка, у этой фамилии нет: корень прозрачен, а попытки связать её с каким-либо ремеслом или географическим названием не имеют под собой оснований. Встречается фамилия преимущественно в южных и центральных регионах России, а также на востоке Украины — в зонах, где исторически была высока плотность казачьего и крестьянского населения.