Фамилия Бганцов — редкая и по звучанию, и по происхождению. Её основа не связана с распространёнными каноническими именами или названиями профессий, а уходит в диалектную лексику южнорусских и украинских говоров.

В центре фамилии — слово «бгант» или «бганка». В ряде регионов так называли складку, сборку на одежде, а также оборку или волан. Глагол «бгати» (сжать, смять, свернуть) широко бытовал в украинском и белорусском языках. Таким образом, прозвище Бганец (или Бгант) мог получить портной, занимавшийся отделкой одежды, — мастер, который делал складки и сборки. Суффикс -ец указывает на лицо по действию или предмету: «тот, кто бгает».

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «бганый» — мятый, неопрятный. В этом случае прозвище давалось человеку с неряшливым видом, но такая трактовка менее убедительна: большинство русских фамилий на -ов/-ев образованы от прозвищ по ремеслу или характерному признаку, а насмешливые клички реже становились основой для фамилий крестьян.

Окончание -ов — стандартный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: «сын Бганца». Фамилия закрепилась в южных областях России и на востоке Украины, где глагол «бгати» был в ходу. Встречаются варианты написания Бганцев и Бганцов — вторая форма характерна для фамилий, где под ударением оказался суффикс (ср. Кузнецов, Портнов).

В словарях русских фамилий (например, у В. А. Никонова) эта фамилия не получила развёрнутого толкования из-за редкости, но диалектная основа надёжно выводится из контекста народных ремёсел. Предки носителей фамилии Бганцов, скорее всего, были портными или скорняками, специализировавшимися на обработке ткани со складками и сборками.