Фамилия Биндусова — женская форма фамилии Биндусов, и с точки зрения словообразования здесь всё прозрачно: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть первоначально Биндусовы — это дети или потомки человека по прозвищу Биндус. Вопрос упирается в происхождение самой основы «Биндус».

Самая вероятная версия — прозвище от глагола «биндить» или «бендить», заимствованного из западноевропейских языков (немецкого binden — «связывать», «переплетать»). В русских говорах слово «биндить» означало «перевязывать», а также «хитрить, лукавить, изворачиваться». Соответственно, Биндусом могли прозвать либо переплётчика книг, бондаря (человека, связывающего обручи на бочках), либо, в переносном смысле, — хитрого и увёртливого человека. Такие профессиональные прозвища в основе фамилий — одна из самых распространённых моделей в русской ономастике, и здесь она выглядит убедительнее, чем редкие экзотические корни.

Встречается также версия, что Биндусов — это русифицированная форма литовской фамилии Bindus, образованной от балтского корня со значением «быть» или «становиться». Однако для фамилии, бытующей в центральных и северных областях России (а именно там фиксируются ранние упоминания Биндусовых), литовское происхождение менее характерно. Скорее всего, перед нами чисто русское прозвище, возникшее в среде ремесленников или крестьян.

Отдельного внимания заслуживает суффикс. В отличие от огромного массива фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), фамилии от прозвищ с суффиксом -ус встречаются реже. Они несли оттенок иноязычного или диалектного звучания, иногда — шутливый или сниженный оттенок. Сравните: Биндус, Каратус, Мантус. Носитель такого прозвища в XVI–XVII веках, скорее всего, выделялся среди односельчан либо ремеслом, либо характером. Сословно Биндусовы, как и большинство носителей фамилий на -ов, относились к крестьянам или посадским людям; дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах не значится.