Фамилия Биняев — одна из тех, где в основе лежит не церковное, а народное имя или прозвище, причём довольно редкое. Скорее всего, её образовали от имени Биняй. Это уменьшительная или обиходная форма от крестильного имени Авив (древнееврейское «колос»), но не напрямую, а через промежуточный вариант — Биня. В русской ономастике такое явление не редкость: от полного имени отсекали первый слог или часть корня, а затем добавляли характерный просторечный суффикс -яй. Получалось Биняй — ласковое или фамильярное обращение к человеку по имени Авив. Фамилию же закрепили с помощью патронимического суффикса -ев, который указывал на принадлежность: «чей?» — Биняев, то есть сын или потомок Биняя.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с диалектным глаголом «бинять» — в некоторых говорах так говорили о человеке, который медлит, копается, «биняет» с делом. Тогда Биняем могли прозвать нерасторопного или вдумчивого человека. Однако эта версия слабее, потому что глагол редкий и локальный, а имя Биняй встречается в исторических документах чаще, чем можно было бы ожидать от прозвища.

С точки зрения географии фамилия не массовая, но встречается в Поволжье и на Урале — в регионах, где в XVII–XIX веках активно селились выходцы из центральной России и где крестьянские фамилии нередко фиксировались именно в такой «домашней», неканонической форме. Сословно Биняевы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми: фамилии на -ев от народных форм имени типичны для непривилегированных слоёв, у дворян и духовенства предпочитали более книжные варианты.

Обратите внимание на написание: фамилия оканчивается на -ев, а не на -ов. Это значит, что исходная основа Биняй заканчивалась на мягкий согласный или йот. Если бы в основе было слово «биня» (женское или среднего рода), суффикс был бы -ин (Биняин), но здесь именно мужская модель. Встречающееся иногда искажённое написание «Биняев» с двойным «н» — ошибка переписчиков или позднее упрощение, не имеющее отношения к этимологии.