Фамилия Бобачев — не из тех, что образованы от имени или профессии напрямую. Скорее всего, в её основе лежит географическое название: посёлок Бобачи в Плюсском районе Псковской области. Человек, переселившийся оттуда, получал прозвище Бобач, а его потомки становились Бобачевыми. Сам топоним Бобачи, в свою очередь, скорее всего, произошёл от слова «боб» — плод бобового растения. Такая модель, когда фамилия указывает на прежнее место жительства («откуда родом»), очень распространена на северо-западе России.

Но есть и другие версии, хотя они менее убедительны. Одна из них возводит прозвище Бобач к старолитовскому слову bačius («башмак») с приставкой ba- («без», «не»). Если следовать этой гипотезе, прозвище могло означать «бедняк», «босоногий» и отражать социальное положение предка. Лингвистически это построение спорное: приставка ba- в литовском языке не образует таких конструкций со значением «без башмака».

Третья версия связывает фамилию с белорусским словом «бабак» — сурок. Сурок известен своей любовью к долгой спячке, поэтому прозвище Бобач могли дать сонливому, медлительному человеку. Однако эта версия наталкивается на фонетическое несоответствие: «бабак» в белорусском произносится с ударением на втором слоге, а фамилия Бобачев — с ударением на первом. Переход «а» в «о» под ударением в белорусском языке нехарактерен, что делает эту гипотезу маловероятной.

Таким образом, наиболее правдоподобным остаётся объяснение фамилии через псковский топоним Бобачи. Это не только проще лингвистически, но и хорошо вписывается в исторический контекст: Псковщина — регион, где фамилии на -ев от названий деревень и сёл встречаются особенно часто. Суффикс -ев в фамилии Бобачев указывает на принадлежность: «сын Бобача», то есть выходца из Бобачей.