Фамилия Боборина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Боборин. Она образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: в старину так называли «сына Бобори» или «человека из дома Бобори». Вопрос в том, что скрывается за исходным прозвищем Боборя.

Самое прямое объяснение — связь с бобрами. Прозвище Боборя могли дать человеку по внешнему сходству (например, за густые темные волосы или коренастую фигуру), по занятию (ловец бобров, бортник, работавший в бобровых угодьях) или по характеру (хозяйственный, трудолюбивый, «бобер» в значении запасливый). В северных и центральных русских говорах слово «бобер» и его производные были распространены шире, чем в южных, так что географически фамилия скорее всего возникла на территории бывших Новгородских или Владимиро-Суздальских земель.

Существует и менее очевидная версия, которую ономасты рассматривают реже. В некоторых диалектах «боборя» могло означать нечто болтливое или бормочущее — от звукоподражательного «бобо» (лепет, невнятная речь). В таком случае прозвище дали говорливому или, наоборот, невнятно говорящему человеку. Однако эта гипотеза слабее: в письменных источниках, например в актах XV–XVII веков, фамилии на -ин с корнем «бобр» встречаются многократно, а следов «бобори» в значении «болтун» почти нет.

По сословному составу Боборины не были исключительно крестьянской фамилией. В разрядных книгах и писцовых записях попадаются и служилые люди Боборины, и посадские. Например, в XVI веке упоминается новгородский помещик Иван Боборин — типичный случай, когда прозвище перешло в фамилию без дополнительных суффиксов, просто через притяжательное -ин.

В современной России фамилия Боборина встречается нечасто, но стабильно фиксируется в Ивановской, Костромской и Вологодской областях — то есть в зоне, где исторически была развита охота на бобра и где фамилии на -ин особенно характерны. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего он жил в лесной полосе, занимался промыслом или просто получил прозвище от соседей за сходство с ценным зверем.