Фамилия Боборыкин происходит от прозвища Боборыка. В основе лежит диалектное слово «боборыка» — так в некоторых говорах называли неряшливого, неопрятного человека. Прозвище, скорее всего, дали за характер или манеру одеваться, и оно закрепилось за основателем рода.

Интересно, что слово «боборыка» имеет и другое значение — «головастая рыбка». В этом случае прозвище могло относиться к «профессиональным» именованиям: предок мог быть рыбаком. Обе версии имеют право на существование, но первая — с характеристикой человека — встречается в русской ономастике чаще.

По словообразовательной модели фамилия типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность «сыну Боборыки». Со временем форма закрепилась как наследственная.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Боборыкин стоит особняком. Редкий корень «бобор-» почти не встречается в других русских фамилиях, что делает её легко узнаваемой.