Фамилия Боченяев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка не имеет отношения к бочке, хотя на первый взгляд напрашивается именно эта версия. Если бы предок был бондарем или торговал бочками, фамилия звучала бы как Бочаров или Бочкарёв. Формант -яев указывает на другую природу: это патронимический суффикс, типичный для тюркских и кавказских языков (сравните Ермаков — Ермаков, но Батыев — от имени Батый). Скорее всего, Боченяев — русифицированная форма фамилии, восходящей к личному имени Боченя.

Само имя Боченя могло быть уменьшительной или пренебрежительной формой от тюркского имени Бач (или Боч), которое в некоторых диалектах означало «крепкий», «сильный» или «вожак». В русских говорах слово «боченя» не зафиксировано, но в южнорусских и украинских диалектах «боча» — это «бык-производитель», что даёт ещё одну версию: прозвище Боченя могли дать упрямому, крупному или буйному человеку. Однако связь с животным менее вероятна: суффикс -еня в русских именах (Степан — Степаня, Иван — Иваненя) скорее указывает на ласкательное производное от крестильного имени.

Географически фамилия встречается в основном в Ростовской области и Ставропольском крае, реже — в центральной России. Это подтверждает версию о тюркских или ногайских корнях: в XVI–XVII веках на этих землях оседали выходцы из Золотой Орды и Кавказа, чьи имена при крещении адаптировали на русский лад. Таким образом, Боченяев — не ремесленная, а именная фамилия, и её носители, скорее всего, потомки служилых людей или казаков, получивших фамилию по прозвищу или имени предка.

Словообразовательная модель проста: основа Боченя (личное имя или прозвище) + суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Боченяев сын). Ударение, по правилам русских фамилий, падает на второй слог: Боченя́ев. В отличие от фамилий на -ов, где основа часто бывает нарицательной, здесь мы имеем дело с почти забытым личным именем, что делает фамилию ценной для историков ономастики.