Фамилия Богинич образована от прозвища Богин, которое, скорее всего, давали особенно глубоко верующему мирянину, живущему по Божьим законам. В основе прозвища лежит слово «Бог» — в народной среде так могли назвать человека набожного, строгого в соблюдении обрядов или, напротив, того, кто в шутку присваивал себе божественное всеведение.

Суффикс -ич в фамилии — не просто патронимический, а указывающий на принадлежность к роду: «сын Богина». Такая модель характерна для южнославянских фамилий, особенно сербских и хорватских, где -ич является одним из главных формантов. В русской среде фамилии на -ич встречаются реже и обычно связаны с белорусским или западнорусским влиянием, а также с выходцами из духовного сословия. Поэтому Богинич — фамилия, которая с равной вероятностью могла возникнуть и в среде православных священников (где часто давали «говорящие» фамилии), и в крестьянской среде Балканского полуострова.

В старых польских и украинских документах встречаются варианты Богинский, Богинец — они образованы от той же основы, но с другими суффиксами. Богинич стоит особняком: редкий суффикс делает фамилию легко узнаваемой и географически привязанной. Если предки были из Черниговщины или Волыни, фамилия могла попасть в Россию вместе с переселенцами из Речи Посполитой. Если же корни ведут на юг — в Сербию или Боснию — форма Богинич там совершенно обычна.