Фамилия Богинов — одна из тех, чья основа на первый взгляд кажется прозрачной, но при ближайшем рассмотрении таит несколько версий. Самое простое и лежащее на поверхности объяснение — связь со словом «бог». Однако в русской ономастике фамилии, прямо образованные от слова «Бог» с суффиксом -ин, встречаются редко. Гораздо чаще «божественные» корни скрываются за церковными именами.

Наиболее вероятная версия происхождения — от крестильного имени Богин. Это краткая, народная форма одного из полных церковных имён: например, Богдан (данный Богом) или Богорад. В древнерусском быту такие усечённые имена были обычным делом: человека по документам могли звать Богданом, а в семье — Богин или Богиня. Соответственно, Богинов — это «сын Богина», то есть потомок человека с таким прозвищным именем.

Менее распространённая, но не исключённая версия отталкивается от прозвища Богин. В некоторых говорах «богиня» или «богин» могло означать нечто, относящееся к божеству, — например, икону или церковную утварь. Прозвище могли дать набожному человеку, либо тому, кто служил при церкви, либо, напротив, иронично — за чрезмерную гордость. Однако эта версия более шаткая, так как прозвища с прямым указанием на Бога в русской традиции часто заменяли на более нейтральные (Божко, Божен), чтобы избежать кощунства.

С точки зрения географии, фамилия Богинов не относится к числу массовых. Она встречается в центральных областях России, а также на юге — в Ростовской области и Краснодарском крае, что может указывать на переселенческие потоки XIX–XX веков. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, поэтому Богинов — классическая русская фамилия, несмотря на необычную основу.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Богин, Богинский, Богаев — показывает, что Богинов стоит в ряду тех, кто сохранил патронимическую модель. Если Богин мог быть просто прозвищем, то Богинов однозначно указывает на родство: «чей?» — Богинов. Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, носил имя или прозвище Богин, и его потомки закрепили это в фамилии.