Фамилия Богинин — одна из тех, где на первый взгляд всё ясно, а при ближайшем рассмотрении начинаются вопросы. Самое очевидное, что приходит в голову: основа «бог» и суффикс «-ин». Но если бы фамилия происходила напрямую от слова «бог» или имени Богдан, мы бы с высокой вероятностью имели форму Богин (как Борин от Боря, Ванин от Ваня). Удвоение «ин» — Богинин — намекает на то, что в основе лежало не просто имя, а прозвище или отчество от полной формы, где уже был суффикс.

Скорее всего, Богинин — это отчество от прозвища Богиня. В русских говорах слово «богиня» имело не только мифологическое значение. В некоторых регионах так называли икону, божницу (полку с иконами), а также — с иронией или уважением — женщину видную, статную или, наоборот, капризную, требовательную. Прозвище Богиня мог получить мужчина: или за набожность, или за любовь к пышным обрядам, или, напротив, в насмешку за высокомерие. От этого прозвища и пошло отчество: сын Богини — Богинин.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: фамилия могла возникнуть от канонического имени Боголеп (в просторечии Богиня). Имя Боголеп переводится с греческого как «благообразный», «пригожий Богу». В народе его могли сокращать, и тогда «Богинин» означало бы «внук Боги» (Боголепа). Однако эта гипотеза слабее: от полного имени Боголеп чаще образовывали фамилии Боголепов, а от краткой формы Богиня — скорее Богин, а не Богинин.

С точки зрения географии, фамилия редкая и не имеет ярко выраженного «гнезда». Встречается разрозненно: в центральных областях России, на Урале, изредка в Сибири. Это говорит о том, что фамилия возникла не в каком-то одном крупном сословии, а как локальное прозвище в крестьянской или мещанской среде. Дворянской фамилией Богинины не были — в родословных книгах она не числится.

Что касается суффиксальной модели: «-ин» — стандартный патронимический суффикс, указывающий на принадлежность. Но двойное «н» (Богин-ин) — это не опечатка и не ошибка письма. Это след того, что основа уже заканчивалась на «ин» (Богиня → Богинин). Такая модель встречается реже, чем простая, и сразу выдает прозвищное, а не крестильное происхождение.

Итог: предок носителя фамилии Богинин, скорее всего, получил прозвище Богиня — за внешность, характер или особое отношение к вере. Фамилия редкая, незнатная, но с живой внутренней формой, которая до сих пор вызывает удивление и вопрос: «Почему Богиня, если он мужчина?» — а это и есть главная примета настоящего, не книжного прозвища.