Фамилия Богинский — один из ярких примеров искусственного фамильного творчества в духовной среде. Суффикс -ский, который в русских фамилиях чаще всего указывает на дворянское происхождение или связь с географическим названием, здесь работает иначе. В семинариях XVIII–XIX веков этим суффиксом массово «облагораживали» фамилии будущих священников, отталкиваясь от отвлечённых понятий, имён святых или просто звучных основ.

Основа фамилии — «Бог». Семинаристу могли дать фамилию Богинский как производную от слова «Бог» (по модели «Бог → Богин → Богинский»), чтобы подчеркнуть его духовное служение. Возможен и другой путь: от прозвища Бог, которое в крестьянской среде давали человеку набожному, тихому или, напротив, иронично — заносчивому. В этом случае фамилия Богинский означала бы «потомок того, кого звали Богом», но такое прозвище было редким и скорее исключением, чем правилом.

Семинарские фамилии часто создавали по благозвучию, без прямой связи с реальными качествами предка. Поэтому искать единого «Бога» в родословной Богинских не стоит — скорее всего, фамилия появилась за столом в духовном училище, когда наставник или сам ученик выбирал себе «говорящее» имя для будущей карьеры. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия не распространена широко, а её носители в основном встречаются в центральных и западных губерниях Российской империи, где семинарское образование было особенно развито.

В польском и белорусском языках фамилия может иметь иное происхождение — от топонимов вроде Богиня или Богине, но в русском контексте семинарская версия остаётся основной.