Фамилия Богонатов — редкая и неочевидная. Если отбросить соблазн сразу увидеть в ней «Бога» и «нато» (нато — от глагола «нати́ть», то есть насыщать, или от «нато» как части тела?), то первая версия, которая приходит в голову — сложение слов «Бог» и «нато» в значении «Богом данный». Однако в русском языке для «данного Богом» есть устоявшаяся форма «Богдан», а «нато» в значении «дано» — это церковнославянское «нато» (от «нать» — давать), но в фамилиях такая конструкция почти не встречается.

Более правдоподобное объяснение лежит в области прозвищ. В южнорусских и украинских говорах слово «нато» могло означать «натощак», «голодный». Тогда Богонатов — это человек, который «нато Богу», то есть постится, не ест до молитвы, или же ироничное прозвище для вечно голодного, но богомольного человека. В этом случае фамилия образована по модели «глагольная основа + суффикс», но не от имени, а от устойчивого выражения.

С точки зрения словообразования, суффикс -ов указывает на принадлежность: Богонатов — сын Богоната. Сама фамилия — редкий пример «народной этимологии», где два корня слились в одно слово, но смысл со временем стерся. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямых аналогов нет, но встречаются похожие конструкции вроде Богоявленский (от праздника) или Богомазов (от ремесла). Богонатов стоит особняком: это не семинарская фамилия (они обычно на -ский), а скорее мирское прозвище, закрепившееся за родом.

Географически фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, с редкими вкраплениями на Украине. В дореволюционных переписях (например, по Воронежской губернии) изредка фиксировались крестьяне с такой фамилией, что подтверждает её недворянское происхождение. Точных данных о знаменитых носителях нет — фамилия осталась в тени, но это не умаляет её ценности для семейной истории.