Основой фамилии Богонников послужило мирское имя Богонник. Мирское имя Богонник восходит к названию растения багонник: так в некоторых говорах называют багульник болотный. Это ядовитое растение местами образует заросли на больших пространствах (на Украине — преимущественно в Ровенской, Волынской, Житомирской, Киевской областях). Это растение встречается и в Полесье, особенно обильно в Западном и Правобережном. Как правило, багонник произрастает на заболоченных местах в хвойных лесах, на сфагновых болотах и торфяниках. В народной медицине его используют при остром и хроническом бронхите, туберкулезе, заболеваниях кожи. До введения христианства наречение ребенка именем, представляющим собой название животного или растения, было очень распространённой традицией. Давая младенцу такое имя, как Богонник, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель растительного мира. Замена гласного «а» на «о» произошла в результате влияния «окающих» говоров. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Богонник, со временем получил фамилию Богонников.