Фамилия Богонников — редкий случай, когда внешне понятный корень на поверку оказывается обманчивым, а написание расходится с произношением. Вопреки первому впечатлению, основа здесь не связана с «богом»: фамилию образовали от мирского имени Богонник, а то, в свою очередь, от слова «багонник». Так в юго-западных и западных говорах называли багульник болотный — ядовитое растение, которое местами образует обширные заросли на торфяниках и сфагновых болотах. В украинском Полесье, особенно в Ровенской, Волынской, Житомирской и Киевской областях, багонник — привычная часть пейзажа.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов присоединился к имени Богонник, дав фамилию в значении «сын Богонника». А вот написание с «о» в первом слоге — результат влияния «окающих» говоров, где безударное «а» звучало как «о» и со временем закрепилось на письме. В документах фамилию могли записать и как Багонников, но закрепился именно вариант с «о».

Дохристианская традиция давать детям «растительные» имена была широко распространена у восточных славян. Выбирая для ребёнка имя Богонник, родители вкладывали в него не столько магический, сколько охранительный смысл: считалось, что природа признает такого малыша «своим» и передаст ему качества растения. Для багульника это, прежде всего, выносливость и способность выживать в суровой болотной среде. В народной медицине багонник применяли при бронхитах, туберкулёзе и кожных болезнях, но его ядовитость была хорошо известна — имя могло подчёркивать и «крепкий», не по годам серьёзный характер.

Фамилия Богонников — штучная, её носители встречаются редко, и это делает её ценной для историков и генеалогов: каждая такая фамилия — ниточка к локальной традиции именования, к быту и говорам конкретной местности.