Фамилия Богуненко — украинская по форме, но её происхождение вызывает споры. Суффикс -енко типичен для восточной Украины и указывает на «маленького» или «сына»: Богуненко — буквально «сын Богуна». Вся интрига — в том, что такое «Богун».

Самая прямая версия: прозвище Богун образовано от слова «богун», которое в южных говорах означало багульник — вечнозелёный кустарник из семейства вересковых. В народной традиции такие «растительные» имена давали детям, чтобы природа приняла ребёнка как своего и передала ему жизненную силу растения. Мальчик, названный Богун, как бы становился частью окружающего мира — отсюда и фамилия.

Вторая версия — от слова «Бог». Прозвище Богун мог получить глубоко верующий человек, живший по Божьим законам. В украинской среде такие имена-обереги были не редкостью: они должны были защищать носителя или напоминать о его благочестии.

Существует и экзотическая гипотеза, связывающая Богуненко с английским дворянским родом Де Богунов нормандского происхождения. В XII–XIV веках де Богуны занимали наследственную должность лорда-констебля Англии, владели титулом графа Нортгемптона и участвовали в баронских войнах. Однако эта версия слаба: украинский суффикс -енко и местная топонимика указывают скорее на славянскую основу, чем на западноевропейскую аристократию.

Первая точка зрения — от багульника — представляется наиболее правдоподобной. Прозвище Богун со временем закрепилось как наследственное имя и полностью вытеснило исходное крестильное, породив фамилию Богуненко.