Фамилия Богуновы (в мужском варианте — Богунов) образована от личного прозвища, и её значение напрямую связано с природой. В основе лежит слово «богун» — так в русских говорах называли багульник, вечнозелёный кустарник семейства вересковых. Прозвище Богун могли дать человеку, жившему среди болотистых мест, где растёт это растение, или же вкладывая в имя символический смысл: чтобы ребёнок, как представитель живой природы, перенял её силу и стойкость. Это распространённая модель, когда имя-оберег связывали с растительным миром.

Есть и вторая, менее бытовая версия: прозвище Богун могли возвести к слову «Бог». Так могли назвать глубоко верующего человека, жившего строго по религиозным заповедям. Однако эта гипотеза встречается реже, и первая — «растительная» — выглядит убедительнее, поскольку слово «богун» со значением «багульник» зафиксировано в диалектах.

Менее правдоподобна версия о связи с английским дворянским родом Де Богунов (de Bohun) нормандского происхождения. Этот род был могущественным в средневековой Англии: глава дома занимал наследственную должность лорда-констебля, а младшая ветвь с 1337 года носила титул графа Нортгемптона. Де Богуны участвовали в баронских войнах и военных кампаниях в Уэльсе и Шотландии. Но для русской фамилии Богунов такая связь маловероятна: она держится лишь на случайном созвучии, а русский суффикс -ов указывает на славянское происхождение от местного прозвища.

Фамилия Богуновы — памятник народной культуры, где за обычным, на первый взгляд, прозвищем стоит конкретный образ из окружающей природы. Где именно и когда впервые появилась эта фамилия, сказать сложно: процесс формирования русских фамилий был долгим и шёл в разных регионах по-своему.