Фамилия Богунец — редкий случай, когда на слух она кажется польской или белорусской, но по модели образования указывает на восточнославянскую, скорее всего украинскую или южнорусскую среду. Суффикс -ец типичен для прозвищ и фамилий, образованных от прилагательных или существительных (ср. Молодец, Удалец, Хитрец), и в данном случае он превращает основу «Богун» в фамилию, буквально означающую «сын или потомок Богуна» или «человек, относящийся к Богуну».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Богун. В старых русских и украинских говорах «богун» могло означать «богомольный человек», «набожный», но чаще это была уменьшительная или ласкательная форма от имени Богдан (Бог + дан, то есть «данный Богом»). То есть Богун — это Богдан в разговорном, домашнем варианте, как Иван превращается в Ивун, а Пётр — в Петрун. Фамилия Богунец, таким образом, восходит к отчеству от имени Богун: «чей?» — Богунов, а Богунец — тот же смысл, но с другим суффиксом, более характерным для западнорусских земель и Украины.

В историческом контексте фамилия могла закрепиться в казачьей или крестьянской среде. Известен Богдан (Зиновий) Хмельницкий, но прямого отношения к нему фамилия не имеет, хотя имя Богдан было широко распространено среди запорожских казаков. Нельзя исключать и связь с польским словом boguniec — так называли сторонников Богуна, одного из казацких полковников времён Хмельниччины, Ивана Богуна. Однако в этом случае фамилия скорее означала бы «приверженец Богуна», что маловероятно для рядовой фамилии: такие прозвища обычно не переходили в наследственные фамилии крестьян.

Географически фамилия Богунец встречается в основном на западе Украины — в Ровненской, Волынской, Хмельницкой областях, а также в южных регионах России, куда переселялись украинцы. В Беларуси она редка, хотя суффикс -ец там тоже встречается. В польских метриках XVIII–XIX веков фамилия Boguniec фиксируется, но как польская она оформлялась бы иначе — скорее как Boguński.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду однокоренных: Богунов, Богданов, Богуцкий, Богуневич. Богунец — самая редкая из них, и это делает её ценной для генеалогического поиска: носителей мало, и почти все они связаны с одним регионом, что упрощает поиск предков.