Фамилия Боканчя — один из тех случаев, когда написание подсказывает путь к разгадке. Окончание «-я» и ударение на последнем слоге сразу указывают на нерусское происхождение. Скорее всего, перед нами румынская или молдавская фамилия, оформленная по модели, характерной для этих языков. В русской среде её могли «обрусить», заменив окончание, но исходная форма, вероятно, звучала как Боканча или Боканч.

Основа «Бокан-» восходит к румынскому слову «bocan» или «bocanc». В диалектах Румынии и Молдовы так называли деревянный башмак, колодку, а иногда и грубую кожаную обувь — что-то вроде тяжелого ботинка или сапога на толстой подошве. Слово имеет явные тюркские корни (ср. турецкое «pabuç» — башмак, туфель), которое через балканские языки закрепилось в румынском.

Таким образом, Боканчя — это фамилия-прозвище, данная человеку по роду занятий или характерному признаку. Первым носителем мог быть сапожник, делавший такую обувь, или же человек, который постоянно носил тяжёлые «боканчи» — например, пастух, лесоруб или солдат. В молдавских сёлах прозвище «Бокан» давали и крепкому, ширококостному мужчине, чья походка или фигура ассоциировалась с грубой, массивной обувью.

Суффикс «-чя» (или «-ча») в румынской антропонимии часто выполняет уменьшительно-ласкательную или патронимическую роль, но в данном случае он, скорее, просто притяжательный: «принадлежащий Бокану», «из семьи Бокана». Фамилия встречается в основном на севере Молдовы и в прилегающих районах Украины (Черновицкая, Одесская области), а также среди молдавской диаспоры. В России она редка и почти всегда указывает на предков, переселившихся из Бессарабии в XIX–XX веках.

Есть и другая, менее вероятная версия: если фамилия происходит не из румынского, а из гагаузского или болгарского языков, где «бокан» могло означать «бок» (часть тела). Тогда прозвище давали человеку с широкими боками или кривобокому. Но связь с обувью надёжнее подтверждается и географией, и типичными ремёслами региона.