Фамилия Болдырь ведет происхождение от прозвища, которое давали по смешанному происхождению. Само слово «болдырь» означало «животное, произошедшее от смеси двух видов или пород», а в переносном смысле так называли человека, родители которого принадлежали к разным этническим группам. Это не обидная кличка, а бытовой термин для обозначения метиса, широко распространенный в районах активных межэтнических контактов.

География прозвища четко привязана к границам расселения народов. В Оренбуржье Болдырем называли сына русского и татарской или монгольской женщины. В астраханских говорах так прозывали ребенка русского и калмычки. В Сибири прозвище закреплялось за потомками от браков русских с бурятками или тунгусками. То есть фамилия несет в себе память о конкретном регионе и истории смешения культур.

Фамилия образована по простой модели: прозвище Болдырь перешло в разряд фамилий без добавления суффикса, что характерно для прозвищных фамилий. В документах могла писаться как Болдырь, а позже, по аналогии с другими фамилиями, могла получить окончание -ов (Болдырев), но исходная форма Болдырь встречается как самостоятельная фамилия.

В отличие от многих прозвищ, значение которых со временем стерлось, у фамилии Болдырь сохранилась прозрачная этимология. Она прямо указывает на обстоятельства, при которых предок получил свое имя. Это не ремесло, не внешность и не черта характера, а этнический статус, что делает фамилию редким документом по истории межнациональных отношений в России.