Фамилия Бондарьков образована от прозвища Бондарек, которое, в свою очередь, восходит к слову «бондарь» — мастеру, ремесленнику, выделывающему бочки (иначе бочару). Это прозвище давали человеку по профессии, которая была жизненно важна в любом хозяйстве: бочки и кадки требовались для хранения зерна, солений, мёда, вина и воды. Ремесло бондаря считалось уважаемым и прибыльным, поэтому на Руси оно породило множество родственных фамилий: Бондарев, Бондаренко, Бондарчук, Бондарь.

Особенность фамилии Бондарьков — в её словообразовательной модели. Суффикс -к- в основе «Бондарек» указывает на уменьшительно-ласкательную или уничижительную форму имени или прозвища. В данном случае Бондарек могло означать «младший бондарь» (сын или ученик мастера) либо просто «маленький бондарь» — прозвище подростка или невысокого мужчины, причастного к ремеслу. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ов: Бондарьков буквально значит «чей?» — «сын Бондарека».

Географически фамилия Бондарьков тяготеет к южнорусским и центральным областям, где было сильно влияние украинской и казачьей культур. В частности, она встречается в бывших Воронежской, Курской и Ростовской губерниях — регионах, где бондарное дело процветало благодаря обилию лесов и развитому сельскому хозяйству. В отличие от более распространённой фамилии Бондарев, вариант Бондарьков встречается реже, что может указывать на более локальное происхождение рода — от конкретного человека по прозвищу Бондарек.

Спорных версий происхождения у этой фамилии нет: корень «бондарь» надёжно прослеживается в восточнославянских языках и не смешивается с другими основами. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель с суффиксом -ек и последующим -ов отмечена как типичная для прозвищ, оканчивающихся на согласный. Таким образом, Бондарьков — это фамилия, прямо указывающая на профессию предка, но с оттенком принадлежности к младшему поколению мастеров.