Фамилия Бондокова — женская форма фамилии Бондоков. В русской традиции она образована по простой модели: к мужской основе добавляется окончание -а, указывающее на принадлежность к роду (жена или дочь Бондокова). Сама же мужская фамилия Бондоков — типичная патронимическая фамилия, то есть произошедшая от личного имени или прозвища предка, с помощью суффикса -ов. Основа здесь — Бондок.

Что такое «Бондок»? Самое прямое объяснение лежит в диалектной лексике. В южнорусских говорах, особенно в рязанской, тамбовской и воронежской областях, слово «бондок» или «бондак» означало «бочар», «бондарь» — ремесленника, изготавливающего бочки, кадки и другую деревянную тару. Прозвище Бондок, таким образом, мог получить человек, занимавшийся этим ремеслом. Суффикс -ок в прозвище мог придавать оттенок уменьшительности или просто быть характерным для местного говора, как в словах «парень — паренёк», «жук — жучок». В таком случае фамилия Бондоков — аналог более распространённой фамилии Бондарев, но с региональным фонетическим и словообразовательным оттенком.

Есть и другая версия, менее вероятная, но возможная. В некоторых славянских языках и говорах «бонда» или «бондо» могло быть формой личного имени Богдан (через сокращение «Бондя»). Тогда Бондок — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Богдан (Богдан → Бондя → Бондок). Фамилия Бондоков в этом случае означала бы «сын Бондока», то есть потомок человека по имени Богдан. Однако, учитывая, что ремесленное прозвище «бондарь» широко распространено, а имя Богдан даёт больше производных (Богданов, Богдашкин), первая версия выглядит предпочтительнее.

Географически фамилия Бондоков (и Бондокова) тяготеет к югу России — Воронежской, Ростовской областям, а также встречается в украинских фамилиях (Бондак, Бондар). Это косвенно подтверждает связь с бондарным ремеслом, которое было особенно развито в лесных и сельскохозяйственных районах юга. Предок современных носительниц фамилии Бондокова, скорее всего, был мастером-бондарем, чьё прозвище закрепилось за его потомками как фамилия.