Фамилия Бондурко — характерный пример украинской или польской модели фамилий с суффиксом -ко. Этот уменьшительный или принадлежностный суффикс в украинской ономастике выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: он превращает прозвище или имя в фамилию. В основе лежит слово «бондар» (или «бондарь») — мастер по изготовлению бочек, кадок и другой деревянной посуды. Это одна из самых распространённых ремесленных основ в восточнославянских фамилиях (ср. Бондаренко, Бондарев, Бондарчук). Фамилия Бондурко возникла, скорее всего, в говорах, где «бондар» произносили с увулярным или твёрдым «р» — «бондур», отсюда и форма с гласной «у» во втором слоге.

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным регионам Украины, а также к юго-восточной Польше (историческая Галиция, Волынь). Там суффикс -ко особенно активен, и фамилии на -ко составляют до трети всех местных фамилий. В России Бондурко встречается редко, чаще всего как результат миграции XIX–XX веков, и может быть записана с ошибками (Бондарко, Бандурко). Интересно, что в некоторых польских записях фамилия фиксировалась как Bondurko, что указывает на её возможное шляхетское происхождение — в Речи Посполитой такую фамилию мог получить и крестьянин, и мелкий шляхтич, если предок был бондарем.

Разбор суффикса -ко в данном случае даёт ключ к пониманию социального статуса предка. В отличие от фамилий на -енко (Бондаренко), которые в XVII–XVIII веках стали массовыми у казаков и крестьян, фамилии на -ко без дополнительного суффикса (Бондурко, а не Бондаренко) чаще встречались у мещан или ремесленников в городах и местечках. То есть носитель фамилии Бондурко, вероятно, происходил не из казацкой среды, а из городского или пригородного ремесленного сословия, где бондарство было обычным делом. Других версий происхождения — от личного имени или топонима — для этой фамилии нет: основа «бондур» вне ремесленного контекста не встречается в славянской антропонимии.

Написание фамилии может варьироваться: Бондурко, Бондурко́ (с ударением на последний слог), реже Бандурко. Ударение в украинских фамилиях на -ко часто подвижно, но в русской традиции его обычно фиксируют на последнем слоге. В документах XIX века можно встретить форму Бондурков — русифицированный вариант, где суффикс -ко заменили на -ов по аналогии с русскими фамилиями. Такая замена нередко происходила при переписях или при переселении в центральные губернии России.