По одной из версий, оно образовано от диалектного нарицательного «бондя» - «полный, неповоротливый человек». Вероятно, это прозвище отражало особенности внешности основателя фамилии. Однако следует отметить, что в старину полнота не считалась чем-то зазорным. Напротив, она была признаком достатка и хорошего здоровья. В таком случае прозвище относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на деятельность предка: он мог быть пастухом или скотоводом. Суффикс -ус является вариантом уменьшительного украинского суффикса -усь. Сведения о представителях родственной фамилии Бондусь содержатся в различных архивных документах. Так, в Книге памяти Хабаровского края отмечен украинец Бондусь Павел Кондратьевич, который родился в 1895 году (Северо-Кавказский край, с. Ивановская).