Фамилия Боргунова — женская форма фамилии Боргунов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Боргун. Разбирать её стоит с корня, который неочевиден на первый взгляд и порождает несколько версий.

Самая прямая версия связывает основу с тюркским словом «боргу» или «боргун» — так в некоторых тюркских языках называли долг, недоимку. В этом случае Боргуном могли прозвать должника, человека, который постоянно брал взаймы, или, наоборот, того, кто давал деньги в рост. Однако в русской среде такое прозвище могло закрепиться и за крестьянином, который числился за помещиком с недоимками.

Вторая, более редкая версия, отсылает к диалектному русскому глаголу «боргунить» — в некоторых говорах это означало «ворчать», «брюзжать». Тогда Боргун — ворчливый, недовольный человек. Эта версия менее вероятна из-за малой распространённости самого глагола, но полностью исключать её нельзя: прозвища по характеру давали часто.

Третий вариант — топонимический. В России есть несколько мелких географических точек с корнем «Борг» (например, речка Боргуша в бассейне Оки). Если предок переселился оттуда, его могли записать как Боргунова по названию местности, но такая модель образования фамилий (с суффиксом -ун-) встречается реже, чем прозвищная.

Суффикс -ун- в основе (Борг-ун) типичен для русских прозвищ, обозначающих склонность к действию: говорун, ворчун, скакун. Он указывает на активный признак. Окончание -ов в мужской форме — стандартный патронимический суффикс, означающий «сын Боргуна» или «принадлежащий Боргуну».

Фамилия Боргунова встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, но чаще фиксируется в южных областях России (Волгоградская, Ростовская области) и в Поволжье — регионах, где исторически плотно контактировали русское и тюркское население. Это косвенно подтверждает версию о тюркском происхождении корня.

Однокоренных фамилий в русском языке немного: Боргунов, Боргун, Боргуновский. Сравнение с ними не даёт дополнительных подсказок — все они восходят к тому же единственному корню.