Фамилия Борковкин — один из тех случаев, когда основа ясна, а вот путь её появления в фамилии допускает разные толкования. Корень здесь «борк», что сразу отсылает к слову «бор» — сосновый лес. Однако напрямую «Борковкин» не означает «лесной человек». Скорее всего, в основе лежит уменьшительная форма имени или прозвища: Борко, Борка. Такие имена в старину давали людям, жившим у бора, работавшим в лесу или даже имевшим отношение к бортевому пчеловодству — сбору мёда диких пчёл в дуплах деревьев (бортях). Само прозвище Борко или Борка было довольно распространено, и от него пошли фамилии Борков, Боркин и, с двойным суффиксом, Борковкин.

Словообразовательная модель здесь нестандартная: суффикс -овк- (-евк-) в русских фамилиях встречается реже, чем простые -ов или -ин. Обычно он указывает на принадлежность к более мелкому, младшему родственнику: Борковкин — буквально «сын Борковки» или «внук Борка». То есть фамилия могла закрепиться за потомками человека по прозвищу Борковка — ещё более уменьшительная форма от Борко. В этом прослеживается севернорусская или сибирская традиция, где такие «двойные» фамилии встречаются чаще, чем в центральных губерниях.

Есть и вторая, менее вероятная, но не исключённая версия: основа могла быть топонимической. В России есть несколько деревень с названием Борково, Борковка, а также село Борки. Житель такой деревни мог получить прозвище Борковский, которое в просторечии могло трансформироваться в Борковкин. Однако в этом случае фамилия скорее звучала бы как Борковский, поэтому версия с прозвищем Борко выглядит более прямой.

В исторических документах фамилия Борковкин встречается в основном среди крестьян и мещан центральных и северных губерний России, особенно в Вологодской и Архангельской областях. Это была фамилия людей, чьи предки, вероятно, жили лесным промыслом — рубили лес, гнали дёготь, охотились или бортничали. Сегодня носители фамилии рассеяны по всей стране, но её корни остаются в тех краях, где сосновые боры были частью повседневного пейзажа.