Фамилия Борковских — характерный пример «окающей» севернорусской модели. Её окончание -их (а не -ский) сразу выдаёт родовое прозвище, закрепившееся за целой семьёй или династией. В говорах Русского Севера, а также в Сибири, куда переселенцы унесли эту модель, фамилии на -их и -ых не склоняются и отвечают на вопрос «чьи?»: Борковских — то есть «люди из рода Борковского» или «те, кто живёт у Борковского».

Основа фамилии — топоним Борки. Названий с корнем «бор» (сосновый лес) в России десятки: от деревень в Псковской, Смоленской, Тверской областях до сёл в Черноземье. Человек, переселившийся из такого места, получал прозвание Борковский — «выходец из Борков». Когда семья разрасталась, в документах говорили: «двор Борковских», то есть принадлежащий Борковским. Со временем эта форма застыла и стала фамилией.

Суффикс -ск- в исходном прозвище указывает на дворянский или шляхетский способ образования фамилий — по названию владения или поместья. Однако в крестьянской среде Борковские тоже встречались: землевладельцы часто давали дворовым фамилии по названиям своих усадеб, а те, в свою очередь, передавали их детям. Поэтому носитель фамилии Борковских мог быть как потомком мелкопоместного дворянина, так и крестьянином, приписанным к селу Борки.

В написании фамилии встречается вариант Борковских с ударением на втором слоге (БоркОвских) и реже — на первом (БОрковских). Первый вариант ближе к исходному топониму Борки, второй мог возникнуть под влиянием слова «бор» (лес). В дореволюционных метрических книгах фамилию могли записывать как Борковские — без конечного -х, но в современной русской норме закрепилась именно форма на -их, типичная для северных и сибирских родовых фамилий.