Фамилия Бородюля — редкий случай, когда прозвище почти не изменилось при переходе в фамилию. Она не получила типового суффикса -ов или -ин, а застыла в форме, которая для русского уха звучит как украинская или белорусская. Это и есть ключ: фамилия, скорее всего, западнорусского или малороссийского происхождения, где суффикс -юля характерен для уменьшительно-ласкательных или ироничных прозвищ.

Основа — «борода». Но не прямая, а через прозвище Бородюля, которое могли дать человеку с заметной, возможно, окладистой или необычной бородой. Суффикс -юля вносит оттенок ласкательности или, наоборот, пренебрежения (сравните: дедуля, капризуля). То есть прозвище могло означать «бородачок», «бородища» — в зависимости от интонации, с которой его произносили. В говорах встречается слово «бородюля» как название крупной бороды, что прямо указывает на внешний признак предка.

Модель образования проста: прозвище Бородюля стало фамилией без изменений, по типу, распространённому на землях бывшей Речи Посполитой — в современной Беларуси, на западе Украины, в южных областях России. Фамилия недворянская, крестьянская или казацкая: фиксация прозвища без суффикса принадлежности характерна для простонародной среды, где фамилии долго оставались неофициальными.

Встречается фамилия редко. Найти её можно в основном на западе Украины (Волынь, Подолье) и среди потомков переселенцев в Сибири. Похожие по модели — Бородюк, Бородавка, Бородько — указывают на ту же основу, но с разными суффиксами. Бородюля выделяется именно уменьшительно-пренебрежительным оттенком, что делает прозвище более живым и конкретным.

Ономастические словари (например, работы Ю.К. Редько по украинским фамилиям) фиксируют группу «бородных» фамилий, где Бородюля относится к типу прозвищ, образованных от названий частей тела с эмоциональной окраской. Никакой другой версии — ни от географического названия, ни от профессии — для этой фамилии не прослеживается.