Фамилия Борохитова — один из тех редких случаев, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса. В ней два суффикса подряд: -ит- и -ов-. Модель «основа + -ит + -ов» для русских фамилий нетипична, и это сразу подсказывает, что перед нами не исконно русское образование, а адаптация чужого имени или прозвища. Чаще всего так оформляли фамилии выходцы из еврейской среды, где суффикс -ит- мог указывать на принадлежность к группе или происхождение (сравните с фамилиями типа Гуревич, Рабинович, где -ович/-евич выполняет схожую роль, но здесь иная модель). Впрочем, возможен и тюркский след: в некоторых тюркских языках -ит — это аффикс, образующий прилагательные или имена, который затем обрусел через добавление -ов.

Основа «Борох» почти наверняка восходит к библейскому имени Барух (ивр. ברוך — «благословенный»). В русской записи имя Барух нередко передавали как Борох, отсюда и фамилия Борохов, а с дополнительным формантом — Борохитов. То есть Борохитов — это «потомок Бороха». Женская форма Борохитова, соответственно, принадлежит женщине из этого рода.

Если же копнуть глубже, есть версия, что -ит- могло быть не суффиксом, а частью исходного прозвища. В говорах слово «борох» или «бороха» могло означать нечто вроде «ворчун», «брюзга» (от глагола «борохтаться» — возиться, суетиться, а в переносном смысле — ворчать). Тогда Борохит — человек с таким характером, а Борохитов — его сын. Но эта версия слабее: фамилии на -итов от прозвищ с таким корнем практически не встречаются, а вот от библейских имён — постоянно.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу Российской империи и черте оседлости — территориям современных Украины, Белоруссии и Молдовы, где были распространены иудейские общины. Встречаемость у Борохитовой низкая, что говорит о позднем оформлении фамилии (вероятно, в XIX веке при обязательной паспортизации) и узком ареале.

Так что основная версия: предок носителя фамилии был назван в честь библейского Баруха, а фамилию образовали по русской модели, добавив сначала -ит (как маркер происхождения, возможно, под влиянием польского или украинского языка), а затем -ов для русификации.