Фамилия Борондуков — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, нужно отбросить очевидные ассоциации с «бороной» или «бородавкой» и присмотреться к устройству слова. Основа здесь — не «боронда», а скорее всего прозвище или мирское имя Борондук.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Борондуков — это «сын Борондука». Само слово «борондук» в русских говорах и старой лексике — вариант названия зверька, которого мы знаем как бурундук. В некоторых диалектах, особенно сибирских и уральских, звук «б» мог заменять «бу» или сохраняться в более архаичной форме. Таким образом, прозвище Борондук могли дать человеку за сходство с этим зверьком — за юркость, полосатость одежды (например, латаный кафтан) или запасливый характер.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «борун» означает «нос», а «дук» — суффикс обладания. Тогда Борондук могло быть прозвищем человека с заметным, крупным носом. Однако фонетически «борундук» ближе к «бурундук», и славянская основа выглядит убедительнее, особенно учитывая, что фамилия встречается в регионах, где русские переселенцы активно контактировали с природой Сибири.

Географически фамилия Борондуков тяготеет к Сибири и Забайкалью — именно там бурундук был привычным зверем, а прозвища от названий животных давали часто. Сословно предки Борондуковых, скорее всего, были крестьянами или охотниками-промысловиками: прозвище, данное в быту, закреплялось за родом, а затем перешло в фамилию при переписях XIX века.

В написании фамилии возможна путаница: в старых документах её могли записать как «Барандуков» или «Борондуков» через «а», под влиянием акающих говоров. Но исходная форма с «о» сохранилась, что указывает на северорусскую или сибирскую диалектную основу, где «о» произносили чётко.